Differenzierung von Seelachsbeständen mit Hilfe der EPIC-PCR

FSMI 2013

Vortrag von A.Fritsch, 18.02.2013

A.Fritsch, K.Behrmann, J. Fritsche, H. Rehbein

Die Anforderungen an die Rückverfolgbarkeit von Fischereierzeugnissen werden vor dem Hintergrund wachsender gesetzlicher Anforderungen und Verbraucherwünschen immer größer [1, 2, 3]. Daraus resultiert ein steigender Bedarf an Untersuchungsverfahren, die in der Lebensmittelkontrolle zur Überprüfung der Herkunft von Fischereierzeugnissen eingesetzt werden können. Molekularbiologische Methoden sind ein mögliches Instrument, anhand dessen sich Fischbestände voneinander differenzieren lassen und dass sich somit zur Überprüfung von Angaben zur Rückverfolgbarkeit eignet.

Es wurde die Differenzierung der vier vom ICES (International Council for the Exploration of the Sea) klassifizierten Seelachs- Bestände (Pollachius virens) im Nordost-Atlantik untersucht. Außerdem wurde an Hand einer Probe aus dem Handel geprüft, ob sie sich dem Herkunftsbestand zuordnen lässt. Die Untersuchung erfolgte mit Hilfe der EPIC-PCR (Exon primed, Intron-crossing Polymerase Chain Reaction), einer Methode zur Amplifizierung von Intron-Sequenzen innerhalb phylogenetisch weit verbreiteter Gene. Die Primer binden bei dieser Methode innerhalb der über Spezies-Grenzen hinweg hoch konservierten Exon-Regionen [4].

Aus neun verschiedenen Primer-Systemen wurden die Primer Act 2F/2R und CalmEX 4F/5R für weitere Analysen ausgewählt [5, 6]. Die Untersuchung der PCR-Produkte von 161 Seelachsproben erfolgte mit Hilfe einer RFLP (Restriction fragment length polymorphism analysis) beziehungsweise durch direkte Sequenzierung.

Die genetische Differenzierung über die einzelnen Marker wurde anhand von paarweisen genetischen Distanzen (Nei´s D und φST) sowie einer AMOVA (Analysis of Molecular Variance) ausgewertet. Die Analyse über alle Marker erfolgte mit Hilfe einer Diskriminanzanalyse. Alle Bestände weisen ein hohes Maß an interner Variation auf, die Variation zwischen den Beständen ist jedoch gering. Weder durch die einzelne noch die multiple Auswertung über alle Marker konnte eine eindeutige Differenzierung der Seelachs-Bestände nachgewiesen werden. Daher war auch keine Klassifizierung der Handelsproben möglich.

Das Poster finden Sie hier!

Literatur

[1] Europäische Union (2002). Verordnung (EG) Nr. 178/2002.

[2] Europäische Union (2010). Verordnung (EG) Nr. 1005/2008.

[3] MSC (2012). Fischeinkauf: Nachhaltigkeit als Kaufkriterium gewinnt zunehmend an Bedeutung http://www.msc.org/presseraum/pressemitteilungen/new-research-reveals-increasing-consumer-support-for-the-msc-ecolabel?fromsearch=1&isnewssearch=1&set_language=de. Stand 6.11.2012.

[4] Lessa (1992). Rapid Surveying of DNS Sequence Variation in Natural Populations. Mol. Biol. Evol. 9 (2), 323-330.

 [5] Atarhouch et al. (2003). Primers for EPIC amplification of intron sequences for fish and other vertebrate population genetic studies. Bio. Techniques. 35, 676-682.

[6] Chow (1998). Universal Primer for Calmodulin Gene Intron in Fish. Fisheries Science. 64(6), 999-1000.